Cytochrome c1
Gallus gallus: NCBI BI390492 in frame 1, BBSRC 337515.1 in frame 3 Bos taurus Saccharomyces cerevisiae Rb.capsulatus
Two alternative alignmets for 50-80
region.
This adds three residues in turn at tip of 1st branch of Y-loop in Rb, removes
3-4 from second branch.
P74 is cis-proline. Interface w sym-related c1 extends P74 - G78 (in vertebrates)
does Rb caps D73 corresp to bovine
72 or 75? 72 is much more conserved D, 75 is D/N
D72,R83,D89 (bos) correspond to D73,R80,D89 in Rb.caps, D136, R147, D153
in yeast (same ion-pair arrangement).
Bos sequence:
0 10
20 30
40
50 60
70 80
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Bostaurus
SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLV--G-VCYTEDEAKALAEEVE-VQDGPNEDGEM
Gallus
GELELHPPAFPWSHGGPLSALDHSSVRRGFQVYKQVCSACHSMDYVAFRNLI--G-VTHTEAEAKALAEEVE-VQDGPDENGEL
Saccharocere
MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLV--G-VSHTNEEVRNMAEEFE-YDDEPDEQGNP
Rb.capsulatus
NSNVQDHAFSFEGIFGKFDQAQLRRGFQVYSEVCSTCHGMKFVPIRTLSDDGGPQLDPTFVREYAAGLDTIID--KDSG--
Rb.
sphaeroides HVEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGPELPEDQVRAYATQFT-VTD--EETG--
HHHHHH1HHHHHH
or:
0 10
20 30
40
50 60
70 80
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Bostaurus ---SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLV--G-VCYTEDEAKALAEEVEVQDGPNEDGEM
Gallus ---GELELHPPAFPWSHGGPLSALDHSSVRRGFQVYKQVCSACHSMDYVAFRNLI--G-VTHTEAEAKALAEEVEVQDGPDENGEL
Saccharocere
MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLV--G-VSHTNEEVRNMAEEFEYDDEPDEQGNP
Rb.capsulatus ------NSNVQDHAFSFEGIFGKFDQAQLRRGFQVYSEVCSTCHGMKFVPIRTLSDDGGPQLDPTFVREYAAGLD--TIIDKDS-G
Rb.
sphaeroid --------HVEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGPELPEDQVRAYATQFT---VTDEET-G
HHHHHH1HHHHHH
90 100
110 120
130 140
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Bostaurus
FMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARH-----------------GGEDYVFSLLTGYC-EPPTGVSLR-
Gallus
FMRPGKISDYFPKPYPNPEAARADNNGALPPDLSYIVYARH-----------------GGEDYVFSLLTGYC-DPPAGVVVR-
Saccharocere
KKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARH-----------------GGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALP-
Rb.capsulatus
EERDRKETDMFPTRVGD----------GMGPDLSVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGIGGPEYIYRYVTGFPEENPACAPEG-
Rb. sphaeroides
EDREGKPTDHFPHSALE-----------NAPDLSLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHE
secondary
HH2'HH
HHHH3HHHHH
150
160 170
180 190
200 210
|
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Bostaurus
-EGLYFNPYFP------------------GQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLL
Gallus -EGLHYNPYFP------------------GQAIGMAPPIYNEILEYDDGTPATMSQIAKDVCTFLRWAAEPEHDQRKRMGLKMLLISALLT
Saccharocere -PGSNYNPYFP------------------GGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAEPEHDERKRLGLKTVIILSSLY
Rb.capsulatus
IDGYYYNEVFQVGGVPDTCKDAAGIKTTHGSWAQMPPALFDDLVTYEDGTPATVDQMGQDVASFLMWAAEPKLVARKQMGLVAVVMLGLLS
Rb. sphaeroides
PDGFYYNRAFQNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAEPKLMARKQAGFTAVMFLTVLS
secondary BBBB
BBBB HHHHHHHHH5HHHHHHHH
HHHHHHHHHHHHH6HHHHHH
220 230
240
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Bostaurus
PLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK---
Gallus SLLYYMKRHKWSVLKSRKMAYRPPK
Saccharocere LLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK
Rb.capsulatus
VMLYLTNKRLWAPYKRQKA---------
Rb. sphaeroides
VLLYLTNKRLWAGVKGKK
HHHHHHHHHHHHH
Vertical alignment
with all sequences numbered,
for finding corresponding
residue numbers in
different species:
62 -- -- M1 M62 -- --
63 -- -- T2 T63 -- --
64 -- -- A3 A64 -- --
65 S1 G1 A4 A65 -- --
66 D2 E2 E5 E66 -- --
67 L3 L3 H6 H67 -- --
68 E4 E4 G7 G68 N1 --
69 L5 L5 L8 L69 S2 --
70 H6 H6 H9 H70 N3 H1
71 P7 P7 A10 A71 V4 V2
72 P8 P8 P11 P72 Q5 E3
73 S9 A9 A12 A73 D6 D4
74 Y10 F10 Y13 Y74 H7 V5
75 P11 P11 A14 A75 A8 P6
76 W12 W12 W15 W76 F9 F7
77 S13 S13 S16 S77 S10 S8
78 H14 H14 H17 H78 F11 F9
79 R15 G15 N18 N79 E12 E10
80 G16 G16 G19 G80 G13 G11
81 L17 P17 P20 P81 I14 P12
82 L18 L18 F21 F82 F15 F13
83 S19 S19 E22 E83 G16 G14
84 S20 A20 T23 T84 K17 T15
85 L21 L21 F24 F85 F18 F16
86 D22 D22 D25 D86 D19 D17
87 H23 H23 H26 H87 Q20 Q18
88 T24 S24 A27 A88 A21 H19
89 S25 S25 S28 S89 Q22 Q20
90 I26 V26 I29 I90 L23 L21
91 R27 R27 R30 R91 R24 Q22
92 R28 R28 R31 R92 R25 R23
93 G29 G29 G32 G93 G26 G24
94 F30 F30 Y33 Y94 F27 L25
95 Q31 Q31 Q34 Q95 Q28 Q26
96 V32 V32 V35 V96 V29 V27
97 Y33 Y33 Y36 Y97 Y30 Y28
98 K34 K34 R37 R98 S31 T29
99 Q35 Q35 E38 E99 E32 E30
100 V36 V36 V39 V100 V33 V31
101 C37 C37 C40 C101 C34 C32
102 S38 S38 A41 A102 S35 A33
103 S39 A39 A42 A103 T36 A34
104 C40 C40 C43 C104 C37 C35
105 H41 H41 H44 H105 H38 H36
106 S42 S42 S45 S106 G39 G37
107 M43 M43 L46 L107 M40 M38
108 D44 D44 D47 D108 K41 K39
109 Y45 Y45 R48 R109 F42 F40
110 V46 V46 V49 V110 V43 V41
111 A47 A47 A50 A111 P44 P42
112 Y48 F48 W51 W112 I45 I43
113 R49 R49 R52 R113 R46 R44
114 H50 N50 T53 T114 T47 S45
115 L51 L51 L54 L115 L48 L46
116 V52 I52 V55 V116 S49 S47
117 -- -- -- -- D50 E48
118 -- -- -- -- D51 P49
119 G53 G53 G56 G117 G52 G50
120 -- -- -- -- G53 G51
121 V54 V54 V57 V118 P54 P52
122 C55 T55 S58 S119 Q55 E53
123 Y56 H56 H59 H120 L56 L54
124 T57 T57 T60 T121 D57 P55
125 E58 E58 N61 N122 P58 E56
126 D59 A59 E62 E123 T59 D57
127 E60 E60 E63 E124 F60 Q58
128 A61 A61 V64 V125 V61 V59
129 K62 K62 R65 R126 R62 R60
130 A63 A63 N66 N127 E63 A61
131 L64 L64 M67 M128 Y64 Y62
132 A65 A65 A68 A129 A65 A63
133 E66 E66 E69 E130 A66 T64
134 E67 E67 E70 E131 G67 Q65
135 V68 V68 F71 F132 L68 F66
136 E69 E69 E72 E133 D69 T67
137 -- -- -- -- T70 --
138 V70 V70 Y73 Y134 I71 V68
139 Q71 Q71 D74 D135 I72 T69
140 D72 D72 D75 D136 D73 D70
141 G73 G73 E76 E137 -- --
142 P74 P74 P77 P138 -- --
143 N75 D75 D78 D139 K74 E71
144 E76 E76 E79 E140 D75 E72
145 D77 N77 Q80 Q141 S76 T73
146 G78 G78 G81 G142 G77 G74
147 E79 E79 N82 N143 -- --
148 M80 L80 P83 P144 -- --
149 -- -- -- -- -- --
150 F81 F81 K84 K145 E78 E75
151 M82 M82 K85 K146 E79 D76
152 R83 R83 R86 R147 R80 R77
153 P84 P84 P87 P148 D81 E78
154 G85 G85 G88 G149 R82 G79
155 K86 K86 K89 K150 K83 K80
156 L87 I87 L90 L151 E84 P81
157 S88 S88 S91 S152 T85 T82
158 D89 D89 D92 D153 D86 D83
159 Y90 Y90 Y93 Y154 M87 H84
160 F91 F91 I94 I155 F88 F85
161 P92 P92 P95 P156 P89 P86
162 K93 K93 G96 G157 T90 H87
163 P94 P94 P97 P158 R91 S88
164 Y95 Y95 Y98 Y159 V92 A89
165 P96 P96 P99 P160 G93 L90
166 N97 N97 N100 N161 D94 E91
167 P98 P98 E101 E162 -- --
168 E99 E99 Q102 Q163 -- --
169 A100 A100 A103 A164 -- --
170 A101 A101 A104 A165 -- --
171 R102 R102 R105 R166 -- --
172 A103 A103 A106 A167 -- --
173 A104 D104 A107 A168 -- --
174 N105 N105 N108 N169 -- --
175 N106 N106 Q109 Q170 -- --
176 G107 G107 G110 G171 -- --
177 A108 A108 A111 A172 G95 --
178 L109 L109 L112 L173 M96 N92
179 P110 P110 P113 P174 G97 A93
180 P111 P111 P114 P175 P98 P94
181 D112 D112 D115 D176 D99 D95
182 L113 L113 L116 L177 L100 L96
183 S114 S114 S117 S178 S101 S97
184 Y115 Y115 L118 L179 V102 L98
185 I116 I116 I119 I180 M103 M99
186 V117 V117 V120 V181 A104 A100
187 R118 Y118 K121 K182 K105 K101
188 A119 A119 A122 A183 A106 A102
189 R120 R120 R123 R184 R107 R103
190 H121 H121 H124 H185 A108 A104
191 -- -- -- -- G109 G105
192 -- -- -- -- F110 F106
193 -- -- -- -- S111 H107
194 -- -- -- -- G112 G108
195 -- -- -- -- P113 P109
196 -- -- -- -- A114 M110
197 -- -- -- -- G115 G111
198 -- -- -- -- S116 T112
199 -- -- -- -- G117 G113
200 -- -- -- -- M118 I114
201 -- -- -- -- N119 S115
202 -- -- -- -- Q120 Q116
203 -- -- -- -- L121 L117
204 -- -- -- -- F122 F118
205 -- -- -- -- K123 N119
206 -- -- -- -- G124 G120
207 -- -- -- -- I125 I121
208 G122 G122 G125 G186 G126 G122
209 G123 G123 G126 G187 G127 G123
210 E124 E124 C127 C188 P128 P124
211 D125 D125 D128 D189 E129 E125
212 Y126 Y126 Y129 Y190 Y130 Y126
213 V127 V127 I130 I191 I131 I127
214 F128 F128 F131 F192 Y132 Y128
215 S129 S129 S132 S193 R133 S129
216 L130 L130 L133 L194 Y134 V130
217 L131 L131 L134 L195 V135 L131
218 T132 T132 T135 T196 T136 T132
219 G133 G133 G136 G197 G137 G133
220 Y134 Y134 Y137 Y198 F138 F134
221 C135 C135 P138 P199 P139 P135
222 -- -- D139 D200 E140 E136
223 E136 D136 E140 E201 E141 E137
224 P137 P137 P141 P202 N142 P138
225 P138 P138 P142 P203 P143 P139
226 T139 A139 A143 A204 A144 K140
227 G140 G140 G144 G205 C145 C141
228 V141 V141 V145 V206 A146 A142
229 S142 V142 A146 A207 P147 E143
230 L143 V143 L147 L208 E148 G144
231 R144 R144 P148 P209 G149 H145
232 -- -- -- -- -- E146
233 -- -- -- -- -- --
234 -- -- -- -- I150 P147
235 E145 E145 P149 P210 D151 D148
236 G146 G146 G150 G211 G152 G149
237 L147 L147 S151 S212 Y153 F150
238 Y148 H148 N152 N213 Y154 Y151
239 F149 Y149 Y153 Y214 Y155 Y152
240 N150 N150 N154 N215 N156 N153
241 P151 P151 P155 P216 E157 R154
242 Y152 Y152 Y156 Y217 V158 A155
243 F153 F153 F157 F218 F159 F156
244 P154 P154 P158 P219 Q160 Q157
245 -- -- -- -- V161 N158
246 -- -- -- -- G162 G159
247 -- -- -- -- G163 S160
248 -- -- -- -- V164 V161
249 -- -- -- -- P165 P162
250 -- -- -- -- D166 D163
251 -- -- -- -- T167 T164
252 -- -- -- -- C168 C165
253 -- -- -- -- K169 K166
254 -- -- -- -- D170 D167
255 -- -- -- -- A171 A168
256 -- -- -- -- A172 N169
257 -- -- -- -- G173 G170
258 -- -- -- -- I174 V171
259 -- -- -- -- K175 K172
260 -- -- -- -- T176 T173
261 -- -- -- -- T177 T174
262 -- -- -- -- H178 A175
263 G155 G155 G159 G220 G179 G176
264 Q156 Q156 G160 G221 S180 S177
265 A157 A157 S161 S222 W181 W178
266 I158 I158 I162 I223 A182 I179
267 G159 G159 A163 A224 Q183 A180
268 M160 M160 M164 M225 M184 M181
269 A161 A161 A165 A226 P185 P182
270 P162 P162 R166 R227 P186 P183
271 P163 P163 V167 V228 A187 P184
272 I164 I164 L168 L229 L188 L185
273 Y165 Y165 F169 F230 F189 M186
274 N166 N166 D170 D231 D190 D187
275 E167 E167 D171 D232 D191 D188
276 V168 I168 M172 M233 L192 L189
277 L169 L169 V173 V234 V193 V190
278 E170 E170 E174 E235 T194 E191
279 F171 Y171 Y175 Y236 Y195 Y192
280 D172 D172 E176 E237 E196 A193
281 D173 D173 D177 D238 D197 D194
282 G174 G174 G178 G239 G198 G195
283 T175 T175 T179 T240 T199 H196
284 P176 P176 P180 P241 P200 D197
285 A177 A177 A181 A242 A201 A198
286 T178 T178 T182 T243 T202 S199
287 M179 M179 T183 T244 V203 V200
288 S180 S180 S184 S245 D204 H201
289 Q181 Q181 Q185 Q246 Q205 A202
290 V182 I182 M186 M247 M206 M203
291 A183 A183 A187 A248 G207 A204
292 K184 K184 K188 K249 Q208 E205
293 D185 D185 D189 D250 D209 D206
294 V186 V186 V190 V251 V210 V207
295 C187 C187 T191 T252 A211 S208
296 T188 T188 T192 T253 S212 A209
297 F189 F189 F193 F254 F213 F210
298 L190 L190 L194 L255 L214 L211
299 R191 R191 N195 N256 M215 M212
300 W192 W192 W196 W257 W216 W213
301 A193 A193 C197 C258 A217 A214
302 A194 A194 A198 A259 A218 A215
303 E195 E195 E199 E260 E219 E216
304 P196 P196 P200 P261 P220 P217
305 E197 E197 E201 E262 K221 K218
306 H198 H198 H202 H263 L222 L219
307 D199 D199 D203 D264 V223 M220
308 H200 Q200 E204 E265 A224 A221
309 R201 R201 R205 R266 R225 R222
310 K202 K202 K206 K267 K226 K223
311 R203 R203 R207 R268 Q227 Q224
312 M204 M204 L208 L269 M228 A225
313 G205 G205 G209 G270 G229 G226
314 L206 L206 L210 L271 L230 F227
315 K207 K207 K211 K272 V231 T228
316 M208 M208 T212 T273 A232 A229
317 L209 L209 V213 V274 V233 V230
318 L210 L210 I214 I275 V234 M231
319 M211 I211 I215 I276 M235 F232
320 M212 S212 L216 L277 L236 L233
321 G213 A213 S217 S278 G237 T234
322 L214 L214 S218 S279 L238 V235
323 L215 L215 L219 L280 L239 L236
324 L216 T216 Y220 Y281 S240 S237
325 P217 S217 L221 L282 V241 V238
326 L218 L218 L222 L283 M242 L239
327 V219 L219 S223 S284 L243 L240
328 Y220 Y220 I224 I285 Y244 Y241
329 A221 Y221 W225 W286 L245 L242
330 M222 M222 V226 V287 T246 T243
331 K223 K223 K227 K288 N247 N244
332 R224 R224 K228 K289 K248 K245
333 H225 H225 F229 F290 R249 R246
334 K226 K226 K230 K291 L250 L247
335 W227 W227 W231 W292 W251 W248
336 S228 S228 A232 A293 A252 A249
337 V229 V229 G233 G294 P253 G250
338 L230 L230 I234 I295 Y254 V251
339 K231 K231 K235 K296 K255 K252
340 S232 S232 T236 T297 R256 G253
341 R233 R233 R237 R298 Q257 K254
342 K234 K234 K238 K299 K258 K255
343 L235 M235 F239 F300 A259 --
344 A236 A236 V240 V301 -- --
345 Y237 Y237 F241 F302 -- --
346 R238 R238 N242 N303 -- --
347 P239 P239 P243 P304 -- --
348 P240 P240 P244 P305 -- --
349 K241 K241 K245 K306 -- --
350 -- -- P246 P307 -- --
351 -- -- R247 R308 -- --
352 -- -- K248 K309 -- --
>Bostaurus
-------------------------------------------------------------
---SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLV--G-VCYTEDEAKALAEEVE-VQDGPNEDGEM-
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-EGLYFNPYFP------------------GQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLL
PLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK----
>Gallus
-------------------------------------------------------------
---GELELHPPAFPWSHGGPLSALDHSSVRRGFQVYKQVCSACHSMDYVAFRNLI--G-VTHTEAEAKALAEEVE-VQDGPDENGEL-
FMRPGKISDYFPKPYPNPEAARADNNGALPPDLSYIVYARH-----------------GGEDYVFSLLTGYC-DPPAGVVVR--
-EGLHYNPYFP------------------GQAIGMAPPIYNEILEYDDGTPATMSQIAKDVCTFLRWAAEPEHDQRKRMGLKMLLISALLT
SLLYYMKRHKWSVLKSRKMAYRPPK---
>Saccharocere
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KKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARH-----------------GGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALP--
-PGSNYNPYFP------------------GGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAEPEHDERKRLGLKTVIILSSLY
LLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK-
>Saccharo-pre
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KKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARH-----------------GGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALP--
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LLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK-
>Rb.capsulatus
-------------------------------------------------------------
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EERDRKETDMFPTRVGD----------GMGPDLSVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGIGGPEYIYRYVTGFPEENPACAPEG--
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VMLYLTNKRLWAPYKRQKA----------
>Rb.-sphaeroides
-------------------------------------------------------------
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EDREGKPTDHFPHSALE-----------NAPDLSLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHE-
PDGFYYNRAFQNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAEPKLMARKQAGFTAVMFLTVLS
VLLYLTNKRLWAGVKGKK-------
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