10 20 30 40 50 60 | | | | | |bosxxx0 ---MAALLLRHVGRHCLRAHLSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWSKNTTLNRPLSPHISsusxxx0 ---MAALLLRHVGRHCLRAHLSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWNKNLGSNRPLSPHITHomoxx1 ---MAALLLRHVGRHCLRAHFSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWNKNIGSNRPLSPHITGallus ---MAALVLRCVARRCLLARLSPGPSVHHVVPMATTAKEEMARFWEKNTKSSRPLSPHIS M.domest. MFAITRSLVRSPALRQGLQMAQAQNLRDVSMKVVPAASTVKNETFFDKNNRLQREMSPHLT S.tritica MLAQKLTQQSLRRLALQPSTLRFATPAAIALGNNSFQQQRRQVTAAAVSESHARNEILAKQRLNRPVAPHLAS.c.msammvklglnksalllkpsafsraaalsssrrllfntartnflstsplknvasemntkaaiaeeqilnkqrakrpisphlt Rickettsiaprowazekii -----------------------------------------MTKIKQEIYNKRPTSPHLTParacoccusdenitrificans --------------------------------------------MADVNRGNRPLSPHLQChondruscrispus -------------------------------------------MFIKFKISNRPIAPHLLPorphyrapurpurea -----------------------------------------------MYNINRPISPHLTMarchantiapolymorpha ------------------------------------------------MKINRPLSPHLTReclinomonasamericana --------------------------------MISINFNFLKIKGIINMNINRPISPHLTEcoliSDH13991_DEECS4 --------------------------------------------MIRNVKKQRPVNLDLQCaenorhabditisbriggsae MINIPTSILCRLGARSAISRSFGTSVVTKSEAKTPIQKFGWEYLKKQR-DMKRPIAPHLTEcoliFRD12 -----------------------------------------MTTKRK-----PYVRPMTS Prim.cons. MINMAALLLRHVGRHCLRAH3SPQLCIRN2VPLGTTAK23ME2FKIKN233NRP2SPHLT 70 80 90 100 110 120 | | Hd| | | |bosxxx0 IYGWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLVPGSFESHLEFVKSLCLG-----PALsusxxx0 IYRWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPGNFESHLELVKSLCLG-----PTLHomoxx1 IYSWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGMSALLLPGNFESYLELVKSLCLG-----PALGallus IYKWSLPMAMSITHRGTGVALSLGVSLFSLAALLLPEQFPHYVAVVKSLSLS-----PAL M.domest. IYKPQLTSMLSITHRGTGIALTAGVWALGLAALTSPQDIANYASVIEGLHLS----AGTL S.tritica IYKPQITWYLSALNRVTGVAASGAFYAFGLLYLAAPSLGWHLESAALAASFG--AWPVLL S.cerevisiae iyqpqltwylsslhrislvlmglgfylftilfgvsgllglglttekvsnwyh-qkfskit Rickettsiaprowazekii IYKPQISSTLSILHRMTGVALFFVVSILVWWLILS--KYDNNYLQLASCCI---------Paracoccusdenitrificans VYRLPLAAITSIMTRITGHALVAGIVLITWWLVAA--VTSPGAFACADWVVR-----SWLChondruscrispus VYTPQLSSLFSIWHRISGVGLAFFFTTFLIFIRII--LSSNFACNLLTLIS--FEISQWIPorphyrapurpurea IYNTQKSSLFSIWHRISGVAMFTLIASPPLFLKLA--TFSYKSFNILDLM---LNNSSLIMarchantiapolymorpha IYKPQLTSTFSIFHRISGAFLATMVLFSILFFKIG--DLSLTFYHFYQYFFFLTFYLNWFReclinomonasamericana IYKLQITNTLSIFHRITGGVLALTLCFFILILKML--NFHLSSYAFYSIAYTLNQYSGFLEcoliSDH13991_DEECS4 TIRFPITAIASILHRVSGVITFVAVGILLWLLGTS--LSSPEGFEQASAIMG-----SFFCaenorhabditisbriggsae IYQPQLTWMLSGFHRISGCVMAGTLLVGGLGFAVLPLDFTTFVEYIRGWNLP-----CAVEcoliFRD12 TWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQN------PV . * .Structure supports that 95PE are the extra Prim.cons. IYKPQLTST2SIFHRI2GVALAAGV two residues in chicken vs E. coli. 130 140 150 160 170 180 | Hp | | | | |bosxxx0 IHTAKFALVFPLMYHTWNGIRHLMWDLGK-GLTISQLHQSGVAVLVLTVLSSVGLAsusxxx0 IYTAKFGIVFPLMYHTWNGIRHLIWDLGK-GLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAHomoxx1 IHTAKFALVFPLMYHTWNGIRHLMWDLGK-GLKIPQLYQSGVVVLVLTVLSSMGLAGallus IYSAKFALVFPLSYHTWNGIRHLVWDMGK-GFKLSQVEQSGVVVLILTLLSSAGIA M.domest. -TALKFMIAYPLAFHTANGVRHLLWDTGR-FLKIKEVYSTGYAMVGVSFALAAILA S.tritica QVLTKTILALPVTFHSLNGVRHLVWDTAS-MITNKQVQTTGWTVVGLSVASALGLAS.cerevisiae ewsikgsfaylfaihyggairhliwdtak-eltlkgvyrtgyaligftavlgtyllRickettsiaprowazekii IKICLVAFSYSWCYHLCNGIRHLFWDIGY-GFSIKAVNITGWCVVVCSILLTMLLWParacoccusdenitrificans GFIILTGSMWALWYHLLAGLRHLFYDAGY-GLEIEQAHKSSQALIAGSVVLAVLTLChondruscrispus IIYFNLFILLFLFYHLFNGTRHIIWDFGFLLDIKYLSKFSLFLLVSLSLILIFQ-Porphyrapurpurea LPWFIVIISVIFLYHIINGIRHFLWDSVVNVNTESIIKDSNTLLALVFLIMLFKFMarchantiapolymorpha IISLVNFTLLALCYHMSNGVRHLLWDLGF-FLELSKVYTSGIIMLFCAAFLALLNIReclinomonasamericana FIAISFFLLLFIFYHLFAGLRHLVWDAGY-ALEIENVYLTGYIMLGLAFLFTLIAWEcoliSDH13991_DEECS4 VKFIMWGILTALAYHVVVGIRHMMMDFGYLEETFEAGKRSAKISFVITVVLSLLAGCaenorhabditisbriggsae TAVFKYIIAFPIIFHTLNGIRFLGFDLAKGVDNIGQVYKSGWLVFGVSAVIALAIVEcoliFRD12 IVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVA * Prim.cons. IIIIKF3IL2AL4YH23NGIRHLMWDLGYGLEIEQ2YK3PIIKSGW2VLVL3VLL2LLLA in chicken conserved S/T122 H-bonds to R104 181 These residues in E.coli SDH align w chicken, same Hbond but doubtful if FRD aligns, so remove gap? done. 190 right. FRD SerC111 is in last helix far from SDH | H-bonds O of Pro107.bosxxx0 AM------------ E coli insert 1 residue in loop between helix 2,3:L99Sus AM------------ or maybe Ecoli 98YL replaces chick K112Homoxx1 AM------------Gallus AIS M.domest. ML S.tritica FL S.cerevisiae TLRickettsiaprowazekii V-------------Paracoccusdenitrificans IVFFVF--------Chondruscrispus --------------Porphyrapurpurea IL------------Marchantiapolymorpha IRQHWSNGQIPY--Reclinomonasamericana IIF-----------EcoliSDH13991_DEECS4 VLVW----------Caenorhabditisbriggsae INSCQNKSKAVKTAEcoliFRD12 LYW----------- 1 Homo 2 1ZOY 3 bos- 4 gallus 5 Rickettsia_p 6 Paradeni 7 EcoliSDH 8 Caenorhabditis_b 9 EcoliFRD man pig cow chik Rckts Pard EcoSDH Caen EcoFRD 1 -- -- -- -- -- -- -- M1 -- 2 -- -- -- -- -- -- -- I2 -- 3 -- -- -- -- -- -- -- N3 -- 4 M1 -- M1 -- -- -- -- I4 -- 5 A2 -- A2 -- -- -- -- P5 -- 6 A3 -- A3 -- -- -- -- T6 -- 7 L4 -- L4 -- -- -- -- S7 -- 8 L5 -- L5 -- -- -- -- I8 -- 9 L6 -- L6 -- -- -- -- L9 -- 10 R7 -- R7 -- -- -- -- C10 -- 11 H8 -- H8 -- -- -- -- R11 -- 12 V9 -- V9 -- -- -- -- L12 -- 13 G10 -- G10 -- -- -- -- G13 -- 14 R11 -- R11 -- -- -- -- A14 -- 15 H12 -- H12 -- -- -- -- R15 -- 16 C13 -- C13 -- -- -- -- S16 -- 17 L14 -- L14 -- -- -- -- A17 -- 18 R15 -- R15 -- -- -- -- I18 -- 19 A16 -- A16 -- -- -- -- S19 -- 20 H17 -- H17 -- -- -- -- R20 -- 21 F18 -- L18 -- -- -- -- S21 -- 22 S19 -- S19 -- -- -- -- F22 -- 23 P20 -- P20 -- -- -- -- G23 -- 24 Q21 -- Q21 -- -- -- -- T24 -- 25 L22 -- L22 -- -- -- -- S25 -- 26 C23 -- C23 -- -- -- -- V26 -- 27 I24 -- I24 -- -- -- -- V27 -- 28 R25 -- R25 -- -- -- -- T28 -- 29 N26 -- N26 -- -- -- -- K29 -- 30 A27 -- A27 -- -- -- -- S30 -- 31 V28 -- V28 -- -- -- -- E31 -- 32 P29 -- P29 -- -- -- -- A32 -- 33 L30 L1 L30 M1 -- -- -- K33 -- 34 G31 G2 G31 A2 -- -- -- T34 -- 35 T32 T3 T32 T3 -- -- -- P35 -- 36 T33 T4 T33 T4 -- -- -- I36 -- 37 A34 A5 A34 A5 M1 -- -- Q37 -- 38 K35 K6 K35 K6 T2 -- -- K38 -- 39 E36 E7 E36 E7 K3 -- -- F39 -- 40 E37 E8 E37 E8 I4 -- M1 G40 -- 41 M38 M9 M38 M9 K5 M1 I2 W41 -- 42 E39 E10 E39 A10 Q6 A2 R3 E42 M1 43 R40 R11 R40 R11 E7 D3 N4 Y43 T2 44 F41 F12 F41 F12 I8 V4 V5 L44 T3 45 W42 W13 W42 W13 Y9 N5 K6 K45 K4 46 N43 N14 S43 E14 N10 R6 K7 K46 R5 47 K44 K15 K44 K15 K11 G7 Q8 Q47 K6 48 N45 N16 N45 N16 -- N8 -- R48 -- 49 I46 L17 T46 T17 -- -- -- -- -- 50 G47 G18 T47 K18 -- -- -- D49 -- 51 S48 S19 L48 S19 -- -- -- M50 -- 52 N49 N20 N49 S20 -- -- -- K51 -- 53 R50 R21 R50 R21 R12 R9 R9 R52 P7 conserved RP 54 P51 P22 P51 P22 P13 P10 P10 P53 Y8 55 L52 L23 L52 L23 T14 L11 V11 I54 V9 56 S53 S24 S53 S24 S15 S12 N12 A55 R10 57 P54 P25 P54 P25 P16 P13 L13 P56 P11 58 H55 H26 H55 H26 H17 H14 D14 H57 M12 59 I56 I27 I56 I27 L18 L15 L15 L58 T13 Ile27 60 T57 T28 S57 S28 T19 Q16 Q16 T59 S14 61 I58 I29 I58 I29 I20 V17 T17 I60 T15 62 Y59 Y30 Y59 Y30 Y21 Y18 I18 Y61 W16 63 S60 R31 G60 K31 K22 R19 R19 Q62 W17 64 W61 W32 W61 W32 P23 L20 F20 P63 K18 Trp32 tail-gate 65 S62 S33 S62 S33 Q24 P21 P21 Q64 K19 66 L63 L34 L63 L34 I25 L22 I22 L65 L20 67 P64 P35 P64 P35 S26 A23 T23 T66 P21 68 M65 M36 M65 M36 S27 A24 A24 W67 F22 Met36 69 A66 A37 A66 A37 T28 I25 I25 M68 Y23 70 M67 M38 M67 M38 L29 T26 A26 L69 R24 71 S68 S39 S68 S39 S30 S27 S27 S70 F25 Mutated CAYu Q-site (lifand?) 72 I69 I40 I69 I40 I31 I28 I28 G71 Y26 mev-1 in C. elegans: gly->glu 73 C70 C41 C70 T41 L32 M29 L29 F72 M27 74 H71 H42 H71 H42 H33 T30 H30 H73 L28 Altern heme lig if H84 is mutated in E. coli? 75 R72 R43 R72 R43 R34 R31 R31 R74 R29 Mutated CAYu in Ecoli. Guanidino H-bonds D58, Heme propionate. 76 G73 G44 G73 G44 M35 I32 V32 I75 E30 (mutated in mouse by Ischii) 77 T74 T45 T74 T45 T36 T33 S33 S76 G31 Mutated CAYu heme-bracing 78 G75 G46 G75 G46 G37 G34 G34 G77 T32 close contact with heme ("notch") 79 I76 I47 I76 V47 V38 H35 V35 C78 A33 80 A77 A48 A77 A48 A39 A36 I36 V79 V34 81 L78 L49 L78 L49 L40 L37 T37 M80 P35 82 S79 S50 S79 S50 F41 V38 F38 A81 A36 83 A80 A51 A80 L51 F42 A39 V39 G82 V37 84 G81 G52 G81 G52 V43 G40 A40 T83 W38 85 V82 V53 V82 V53 V44 I41 V41 L84 F39 86 S83 S54 S83 S54 S45 V42 G42 L85 S40 87 L84 L55 L84 L55 I46 L43 I43 V86 I41 88 F85 F56 F85 F56 L47 I44 L44 G87 E42 89 G86 G57 G86 S57 V48 T45 L45 G88 L43 90 M87 L58 L87 L58 W49 W46 W46 L89 I44 91 S88 S59 S88 A59 W50 W47 L47 G90 F45 92 A89 A60 A89 A60 L51 L48 L48 F91 G46 93 L90 L61 L90 L61 I52 V49 G49 A92 L47 94 L91 L62 L91 L62 L53 A50 T50 V93 F48 95 L92 L63 V92 L63 S54 A51 S51 L94 A49 96 P93 P64 P93 P64 -- -- -- P95 L50 97 G94 G65 G94 E65 -- -- -- L96 K51 98 N95 N66 S95 Q66 K55 V52 L52 D97 N52 99 F96 F67 F96 F67 Y56 T53 S53 F98 G53 100 E97 E68 E97 P68 D57 S54 S54 T99 P54 101 S98 S69 S98 H69 N58 P55 P55 T100 E55 102 Y99 H70 H99 Y70 N59 G56 E56 F101 A56 103 L100 L71 L100 V71 Y60 A57 G57 V102 W57 104 E101 E72 E101 A72 L61 F58 F58 E103 A58 105 L102 L73 F102 V73 Q62 A59 E59 Y104 G59 106 V103 V74 V103 V74 L63 C60 Q60 I105 F60 107 K104 K75 K104 K75 A64 A61 A61 R106 V61 108 S105 S76 S105 S76 S65 D62 S62 G107 D62 109 L106 L77 L106 L77 C66 W63 A63 W108 F63 110 C107 C78 C107 S78 C67 V64 I64 N109 L64 111 L108 L79 L108 L79 I68 V65 M65 L110 Q65 112 G109 G80 G109 S80 -- R66 G66 P111 N66 113 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 114 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 115 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 116 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 117 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 118 P110 P81 P110 P81 -- S67 S67 C112 -- 119 A111 T82 A111 A82 -- W68 F68 A113 P67 120 L112 L83 L112 L83 -- L69 F69 V114 V68 121 I113 I84 I113 I84 I69 G70 V70 T115 I69 122 H114 Y85 H114 Y85 K70 F71 K71 A116 V70 123 T115 T86 T115 S86 I71 I72 F72 V117 I71 124 A116 A87 A116 A87 C72 I73 I73 F118 I72 125 K117 K88 K117 K88 L73 L74 M74 K119 N73 126 F118 F89 F118 F89 V74 T75 W75 Y120 L74 127 A119 G90 A119 A90 A75 G76 G76 I121 I75 128 L120 I91 L120 L91 F76 S77 I77 I122 T76 129 V121 V92 V121 V92 S77 M78 L78 A123 L77 130 F122 F93 F122 F93 Y78 W79 T79 F124 A78 131 P123 P94 P123 P94 S79 A80 A80 P125 A79 132 L124 L95 L124 L95 W80 L81 L81 I126 A80 133 M125 M96 M125 S96 C81 W82 A82 I127 L81 134 Y126 Y97 Y126 Y97 Y82 Y83 Y83 F128 L82 135 H127 H98 H127 H98 H83 H84 H84 H129 H83 Heme ligand 136 T128 T99 T128 T99 L84 L85 V85 T130 T84 137 W129 W100 W129 W100 C85 L86 V86 L131 K85 138 N130 N101 N130 N101 N86 A87 V87 N132 T86 139 G131 G102 G131 G102 G87 G88 G88 G133 W87 140 I132 I103 I132 I103 I88 L89 I89 I134 F88 141 R133 R104 R133 R104 R89 R90 R90 R135 E89 142 H134 H105 H134 H105 H90 H91 H91 F136 L90 143 L135 L106 L135 L106 L91 L92 M92 L137 A91 144 M136 I107 M136 V107 F92 F93 M93 G138 P92 145 W137 W108 W137 W108 W93 Y94 M94 F139 K93 146 D138 D109 D138 D109 D94 D95 D95 D140 A94 147 L139 L110 L139 M110 I95 A96 F96 L141 A95 148 G140 G111 G140 G111 G96 G97 G97 A142 N96 149 K141 K112 K141 K112 Y97 Y98 Y98 K143 I97 150 G142 G113 G142 G113 G98 G99 L99 G144 I98 151 L143 L114 L143 F114 F99 L100 E100 V145 V99 152 K144 T115 T144 K115 S100 E101 E101 D146 K100 153 I145 I116 I145 L116 I101 I102 T102 N147 D101 154 P146 P117 S146 S117 K102 E103 F103 I148 E102 155 Q147 Q118 Q147 Q118 A103 Q104 E104 G149 K103 156 L148 L119 L148 V119 V104 A105 A105 Q150 M104 157 Y149 T120 H149 E120 N105 H106 G106 V151 G105 158 Q150 Q121 Q150 Q121 I106 K107 K107 Y152 P106 159 -- -- -- -- -- -- R108 K153 E107 160 -- -- -- -- -- -- -- -- P108 161 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 162 -- -- -- -- -- -- -- -- I109 163 -- -- -- -- -- -- -- -- I110 164 -- -- -- -- -- -- -- -- K111 165 S151 S122 S151 S122 T107 S108 S109 S154 S112 166 G152 G123 G152 G123 G108 S109 A110 G155 L113 167 V153 V124 V153 V124 W109 Q110 K111 W156 W114 168 V154 V125 A154 V125 C110 A111 I112 L157 A115 169 V155 V126 V155 V126 V111 L112 S113 V158 V116 170 L156 L127 L156 L127 V112 I113 F114 F159 T117 171 V157 I128 V157 I128 V113 A114 V115 G160 V118 172 L158 L129 L158 L129 C114 G115 I116 V161 V119 173 T159 T130 T159 T130 S115 S116 T117 S162 A120 174 V160 V131 V160 L131 I116 V117 V118 A163 T121 175 L161 L132 L161 L132 L117 V118 V119 V164 I122 176 S162 S133 S162 S133 L118 L119 L120 I165 V123 177 S163 S134 S163 S134 T119 A120 S121 A166 I124 178 M164 V135 V164 A135 M120 V121 L122 L167 L125 179 G165 G136 G165 G136 L121 L122 L123 A168 F126 180 L166 L137 L166 I137 L122 T123 A124 I169 V127 181 A167 A138 A167 A138 W123 L124 G125 V170 A128 182 A168 A139 A168 A139 V124 I125 V126 I171 L129 183 M169 M140 M169 I140 -- V126 L127 N172 Y130 184 -- -- -- S141 -- F127 V128 S173 W131 185 -- -- -- -- -- F128 W129 C174 -- 186 -- -- -- -- -- V129 -- Q175 -- 187 -- -- -- -- -- F130 -- N176 -- 188 -- -- -- -- -- -- -- K177 -- 189 -- -- -- -- -- -- -- S178 -- 190 -- -- -- -- -- -- -- K179 -- 191 -- -- -- -- -- -- -- A180 -- 192 -- -- -- -- -- -- -- V181 -- 193 -- -- -- -- -- -- -- K182 -- 194 -- -- -- -- -- -- -- T183 -- 195 -- -- -- -- -- -- -- A184 -- 196 170 141 170 142 125 131 130 185 132
10 20 30 40 50 60 | | | | | |
bosxxx0 ---MAALLLRHVGRHCLRAHLSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWSKNTTLNRPLSPHIS
susxxx0 ---MAALLLRHVGRHCLRAHLSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWNKNLGSNRPLSPHIT
Homoxx1 ---MAALLLRHVGRHCLRAHFSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWNKNIGSNRPLSPHIT
Rickettsiaprowazekii ----------------------------------
-----
--MTKIKQEIYNKRPTSPHLTParacoccusdenitrificans --------------------------------------
----
--MADVNRGNRPLSPHLQChondruscrispus ------------------------------------
---MFIKFKISNRPIAPHLLPorphyrapurpurea -----------------------------------------
-MYNINRPISPHLTMarchantiapolymorpha --------------------------------------
-----MKINRPLSPHLTReclinomonasamericana --------------------------
-MISINFNFLKIKGIINMNINRPISPHLTEcoliSDH13991_DEECS4 -------------------------------------
--MIRNVKKQRPVNLDLQCaenorhabditisbriggsae MINIPTSILCRLGARSAISRSFGTSVVTKSEAKTPIQKFGWEYLKKQR-DMKRPIAPHLTEcoliFRD12 -----------------------------------------MTTKRK-----PYVRPMTS Prim.cons. MINMAALLLRHVGRHCLRAH3SPQLCIRN2VPLGTTAK23ME2FKIKN233NRP2SPHLT
70 80 90 100 110 120 | | Hd| | | |
bosxxx0 IYGWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLVPGSFESHLEFVKSLCLG-----PALsusxxx0
IYR
WSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPGNFESHLELVKSLCLG-----PTLHomoxx1 IYSWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGMSALLLPGNFESYLELVKSLCLG-----PAL
Rickettsiaprowazekii IYKPQISSTLSILHRMTGVALFFVVSILVWWLILS--KYDNNYLQLASCCI---------Paracoccusdenitrificans VYRLPLAAITSIMTRITGHALVAGIVLITWWLVAA--VTSPGAFACADWVVR-----SWLChondruscrispus VYTPQLSSLFSIWHRISGVGLAFFFTTFLIFIRII--LSSNFACNLLTLIS--FEISQWIPorphyrapurpurea IYNTQKSSLFSIWHRISGVAMFTLIASPPLFLKLA--TFSYKSFNILDLM---LNNSSLIMarchantiapolymorpha IYKPQLTSTFSIFHRISGAFLATMVLFSILFFKIG--DLSLTFYHFYQYFFFLTFYLNWFReclinomonasamericana IYKLQITNTLSIFHRITGGVLALTLCFFILILKML--NFHLSSYAFYSIAYTLNQYSGFLEcoliSDH13991_DEECS4 TIRFPITAIASILHRVSGVITFVAVGILLWLLGTS--LSSPEGFEQASAIMG-----SFFCaenorhabditisbriggsae IYQPQLTWMLSGFHRISGCVMAGTLLVGGLGFAVLPLDFTTFVEYIRGWNLP-----CAVEcoliFRD12 TWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQN------PV . * .Structure supports that 95PE are th
e
extra Prim.cons. IYKPQLTST2SIFHRI2GVALAAGV
two
residues
in chicken vs E. coli.
130 140 150 160 170 180 | Hp | | | | |
bosxxx0 IHTAKFALVFPLMYHTWNGIRHLMWDLGK-GLTISQLHQSGVAVLVLTVLSSVGLAsusxxx0
IYTAKFGI
VFPLMYHTWNGIRHLIWDLGK-GLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAHomoxx1 IHTAKFALVFPLMYHTWNGIRHLMWDLGK-GLKIPQLYQSGVVVLVLTVLSSMGLA
Rickettsiaprowazekii IKICLVAFSYSWCYHLCNGIRHLFWDIGY-GFSIKAVNITGWCVVVCSILLTMLLWParacoccusdenitrificans GFIILTGSMWALWYHLLAGLRHLFYDAGY-GLEIEQAHKSSQALIAGSVVLAVLTLChondruscrispus IIYFNLFILLFLFYHLFNGTRHIIWDFGFLLDIKYLSKF
SLFLLVSLSLILIFQ-Porphyrapurpurea LPWFIVIISVIFLYHIINGIRHFLWDSVVNVNTESIIKD
SNTLLALVFLIMLFKFMarchantiapolymorpha IISLVNFTLLALCYHMSNGVRHLLWDLGF-FLELSKVYTSGIIMLFCAAFLALLNIReclinomonasamericana FIAISFFLLLFIFYHLFAGLRHLVWDAGY-ALEIENVYLTGYIMLGLAFLFTLIAWEcoliSDH13991_DEECS4 VKFIMWGILTALAYHVVVGIRHMMMDFGYLEETFEAGKRSAKISFVITVVLSLLAGCaenorhabditisbriggsae TAVFKYIIAFPIIFHTLNGIRFLGFDLAKGVDNIGQVYKSGWLVFGVSAVIALAIVEcoliFRD12 IVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVA * Prim.cons. IIIIKF3IL2AL4YH23NGIRHLMWDLGYGLEIEQ2YK3PIIKSGW2VLVL3VLL2LLLA in chicken conserved S/T122 H-bonds to R104
but doubtful if FRD aligns, so remove gap? done.
190 right. FRD SerC111 is in last helix far from SDH | H-bonds O of Pro107.
bosxxx0 AM------------ E coli insert 1 residue in loop between helix 2,3:L99Sus
AM------------ or maybe Ecoli 98YL replaces chick K112
Homoxx1 AM------------Gallus
Rickettsiaprowazekii V-------------Paracoccusdenitrificans IVFFVF--------Chondruscrispus --------------Porphyrapurpurea IL------------Marchantiapolymorpha IRQHWSNGQIPY--Reclinomonasamericana IIF-----------EcoliSDH13991_DEECS4 VLVW----------Caenorhabditisbriggsae INSCQNKSKAVKTAEcoliFRD12 LYW----------- 1 Homo 2 1ZOY 3 bos- 4 gallus 5 Rickettsia_p 6 Paradeni 7 EcoliSDH 8 Caenorhabditis_b 9 EcoliFRD man pig cow chik Rckts Pard EcoSDH Caen EcoFRD 1 -- -- -- -- -- -- -- M1 -- 2 -- -- -- -- -- -- -- I2 -- 3 -- -- -- -- -- -- -- N3 -- 4 M1 -- M1 -- -- -- -- I4 -- 5 A2 -- A2 -- -- -- -- P5 -- 6 A3 -- A3 -- -- -- -- T6 -- 7 L4 -- L4 -- -- -- -- S7 -- 8 L5 -- L5 -- -- -- -- I8 -- 9 L6 -- L6 -- -- -- -- L9 -- 10 R7 -- R7 -- -- -- -- C10 -- 11 H8 -- H8 -- -- -- -- R11 -- 12 V9 -- V9 -- -- -- -- L12 -- 13 G10 -- G10 -- -- -- -- G13 -- 14 R11 -- R11 -- -- -- -- A14 -- 15 H12 -- H12 -- -- -- -- R15 -- 16 C13 -- C13 -- -- -- -- S16 -- 17 L14 -- L14 -- -- -- -- A17 -- 18 R15 -- R15 -- -- -- -- I18 -- 19 A16 -- A16 -- -- -- -- S19 -- 20 H17 -- H17 -- -- -- -- R20 -- 21 F18 -- L18 -- -- -- -- S21 -- 22 S19 -- S19 -- -- -- -- F22 -- 23 P20 -- P20 -- -- -- -- G23 -- 24 Q21 -- Q21 -- -- -- -- T24 -- 25 L22 -- L22 -- -- -- -- S25 -- 26 C23 -- C23 -- -- -- -- V26 -- 27 I24 -- I24 -- -- -- -- V27 -- 28 R25 -- R25 -- -- -- -- T28 -- 29 N26 -- N26 -- -- -- -- K29 -- 30 A27 -- A27 -- -- -- -- S30 -- 31 V28 -- V28 -- -- -- -- E31 -- 32 P29 -- P29 -- -- -- -- A32 -- 33 L30 L1 L30 M1 -- -- -- K33 -- 34 G31 G2 G31 A2 -- -- -- T34 -- 35 T32 T3 T32 T3 -- -- -- P35 -- 36 T33 T4 T33 T4 -- -- -- I36 -- 37 A34 A5 A34 A5 M1 -- -- Q37 -- 38 K35 K6 K35 K6 T2 -- -- K38 -- 39 E36 E7 E36 E7 K3 -- -- F39 -- 40 E37 E8 E37 E8 I4 -- M1 G40 -- 41 M38 M9 M38 M9 K5 M1 I2 W41 -- 42 E39 E10 E39 A10 Q6 A2 R3 E42 M1 43 R40 R11 R40 R11 E7 D3 N4 Y43 T2 44 F41 F12 F41 F12 I8 V4 V5 L44 T3 45 W42 W13 W42 W13 Y9 N5 K6 K45 K4 46 N43 N14 S43 E14 N10 R6 K7 K46 R5 47 K44 K15 K44 K15 K11 G7 Q8 Q47 K6 48 N45 N16 N45 N16 -- N8 -- R48 -- 49 I46 L17 T46 T17 -- -- -- -- -- 50 G47 G18 T47 K18 -- -- -- D49 -- 51 S48 S19 L48 S19 -- -- -- M50 -- 52 N49 N20 N49 S20 -- -- -- K51 -- 53 R50 R21 R50 R21 R12 R9 R9 R52 P7 conserved RP 54 P51 P22 P51 P22 P13 P10 P10 P53 Y8 55 L52 L23 L52 L23 T14 L11 V11 I54 V9 56 S53 S24 S53 S24 S15 S12 N12 A55 R10 57 P54 P25 P54 P25 P16 P13 L13 P56 P11 58 H55 H26 H55 H26 H17 H14 D14 H57 M12 59 I56 I27 I56 I27 L18 L15 L15 L58 T13 Ile27 60 T57 T28 S57 S28 T19 Q16 Q16 T59 S14 61 I58 I29 I58 I29 I20 V17 T17 I60 T15 62 Y59 Y30 Y59 Y30 Y21 Y18 I18 Y61 W16 63 S60 R31 G60 K31 K22 R19 R19 Q62 W17 64 W61 W32 W61 W32 P23 L20 F20 P63 K18 Trp32 tail-gate 65 S62 S33 S62 S33 Q24 P21 P21 Q64 K19 66 L63 L34 L63 L34 I25 L22 I22 L65 L20 67 P64 P35 P64 P35 S26 A23 T23 T66 P21 68 M65 M36 M65 M36 S27 A24 A24 W67 F22 Met36 69 A66 A37 A66 A37 T28 I25 I25 M68 Y23 70 M67 M38 M67 M38 L29 T26 A26 L69 R24 71 S68 S39 S68 S39 S30 S27 S27 S70 F25 Mutated CAYu Q-site (lifand?) 72 I69 I40 I69 I40 I31 I28 I28 G71 Y26 mev-1 in C. elegans: gly->glu 73 C70 C41 C70 T41 L32 M29 L29 F72 M27 74 H71 H42 H71 H42 H33 T30 H30 H73 L28 Altern heme lig if H84 is mutated in E. coli? 75 R72 R43 R72 R43 R34 R31 R31 R74 R29 Mutated CAYu in Ecoli. Guanidino H-bonds D58, Heme propionate. 76 G73 G44 G73 G44 M35 I32 V32 I75 E30 (mutated in mouse by Ischii) 77 T74 T45 T74 T45 T36 T33 S33 S76 G31 Mutated CAYu heme-bracing 78 G75 G46 G75 G46 G37 G34 G34 G77 T32 close contact with heme ("notch") 79 I76 I47 I76 V47 V38 H35 V35 C78 A33 80 A77 A48 A77 A48 A39 A36 I36 V79 V34 81 L78 L49 L78 L49 L40 L37 T37 M80 P35 82 S79 S50 S79 S50 F41 V38 F38 A81 A36 83 A80 A51 A80 L51 F42 A39 V39 G82 V37 84 G81 G52 G81 G52 V43 G40 A40 T83 W38 85 V82 V53 V82 V53 V44 I41 V41 L84 F39 86 S83 S54 S83 S54 S45 V42 G42 L85 S40 87 L84 L55 L84 L55 I46 L43 I43 V86 I41 88 F85 F56 F85 F56 L47 I44 L44 G87 E42 89 G86 G57 G86 S57 V48 T45 L45 G88 L43 90 M87 L58 L87 L58 W49 W46 W46 L89 I44 91 S88 S59 S88 A59 W50 W47 L47 G90 F45 92 A89 A60 A89 A60 L51 L48 L48 F91 G46 93 L90 L61 L90 L61 I52 V49 G49 A92 L47 94 L91 L62 L91 L62 L53 A50 T50 V93 F48 95 L92 L63 V92 L63 S54 A51 S51 L94 A49 96 P93 P64 P93 P64 -- -- -- P95 L50 97 G94 G65 G94 E65 -- -- -- L96 K51 98 N95 N66 S95 Q66 K55 V52 L52 D97 N52 99 F96 F67 F96 F67 Y56 T53 S53 F98 G53 100 E97 E68 E97 P68 D57 S54 S54 T99 P54 101 S98 S69 S98 H69 N58 P55 P55 T100 E55 102 Y99 H70 H99 Y70 N59 G56 E56 F101 A56 103 L100 L71 L100 V71 Y60 A57 G57 V102 W57 104 E101 E72 E101 A72 L61 F58 F58 E103 A58 105 L102 L73 F102 V73 Q62 A59 E59 Y104 G59 106 V103 V74 V103 V74 L63 C60 Q60 I105 F60 107 K104 K75 K104 K75 A64 A61 A61 R106 V61 108 S105 S76 S105 S76 S65 D62 S62 G107 D62 109 L106 L77 L106 L77 C66 W63 A63 W108 F63 110 C107 C78 C107 S78 C67 V64 I64 N109 L64 111 L108 L79 L108 L79 I68 V65 M65 L110 Q65 112 G109 G80 G109 S80 -- R66 G66 P111 N66 113 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 114 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 115 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 116 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 117 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 118 P110 P81 P110 P81 -- S67 S67 C112 -- 119 A111 T82 A111 A82 -- W68 F68 A113 P67 120 L112 L83 L112 L83 -- L69 F69 V114 V68 121 I113 I84 I113 I84 I69 G70 V70 T115 I69 122 H114 Y85 H114 Y85 K70 F71 K71 A116 V70 123 T115 T86 T115 S86 I71 I72 F72 V117 I71 124 A116 A87 A116 A87 C72 I73 I73 F118 I72 125 K117 K88 K117 K88 L73 L74 M74 K119 N73 126 F118 F89 F118 F89 V74 T75 W75 Y120 L74 127 A119 G90 A119 A90 A75 G76 G76 I121 I75 128 L120 I91 L120 L91 F76 S77 I77 I122 T76 129 V121 V92 V121 V92 S77 M78 L78 A123 L77 130 F122 F93 F122 F93 Y78 W79 T79 F124 A78 131 P123 P94 P123 P94 S79 A80 A80 P125 A79 132 L124 L95 L124 L95 W80 L81 L81 I126 A80 133 M125 M96 M125 S96 C81 W82 A82 I127 L81 134 Y126 Y97 Y126 Y97 Y82 Y83 Y83 F128 L82 135 H127 H98 H127 H98 H83 H84 H84 H129 H83 Heme ligand 136 T128 T99 T128 T99 L84 L85 V85 T130 T84 137 W129 W100 W129 W100 C85 L86 V86 L131 K85 138 N130 N101 N130 N101 N86 A87 V87 N132 T86 139 G131 G102 G131 G102 G87 G88 G88 G133 W87 140 I132 I103 I132 I103 I88 L89 I89 I134 F88 141 R133 R104 R133 R104 R89 R90 R90 R135 E89 142 H134 H105 H134 H105 H90 H91 H91 F136 L90 143 L135 L106 L135 L106 L91 L92 M92 L137 A91 144 M136 I107 M136 V107 F92 F93 M93 G138 P92 145 W137 W108 W137 W108 W93 Y94 M94 F139 K93 146 D138 D109 D138 D109 D94 D95 D95 D140 A94 147 L139 L110 L139 M110 I95 A96 F96 L141 A95 148 G140 G111 G140 G111 G96 G97 G97 A142 N96 149 K141 K112 K141 K112 Y97 Y98 Y98 K143 I97 150 G142 G113 G142 G113 G98 G99 L99 G144 I98 151 L143 L114 L143 F114 F99 L100 E100 V145 V99 152 K144 T115 T144 K115 S100 E101 E101 D146 K100 153 I145 I116 I145 L116 I101 I102 T102 N147 D101 154 P146 P117 S146 S117 K102 E103 F103 I148 E102 155 Q147 Q118 Q147 Q118 A103 Q104 E104 G149 K103 156 L148 L119 L148 V119 V104 A105 A105 Q150 M104 157 Y149 T120 H149 E120 N105 H106 G106 V151 G105 158 Q150 Q121 Q150 Q121 I106 K107 K107 Y152 P106 159 -- -- -- -- -- -- R108 K153 E107 160 -- -- -- -- -- -- -- -- P108 161 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 162 -- -- -- -- -- -- -- -- I109 163 -- -- -- -- -- -- -- -- I110 164 -- -- -- -- -- -- -- -- K111 165 S151 S122 S151 S122 T107 S108 S109 S154 S112 166 G152 G123 G152 G123 G108 S109 A110 G155 L113 167 V153 V124 V153 V124 W109 Q110 K111 W156 W114 168 V154 V125 A154 V125 C110 A111 I112 L157 A115 169 V155 V126 V155 V126 V111 L112 S113 V158 V116 170 L156 L127 L156 L127 V112 I113 F114 F159 T117 171 V157 I128 V157 I128 V113 A114 V115 G160 V118 172 L158 L129 L158 L129 C114 G115 I116 V161 V119 173 T159 T130 T159 T130 S115 S116 T117 S162 A120 174 V160 V131 V160 L131 I116 V117 V118 A163 T121 175 L161 L132 L161 L132 L117 V118 V119 V164 I122 176 S162 S133 S162 S133 L118 L119 L120 I165 V123 177 S163 S134 S163 S134 T119 A120 S121 A166 I124 178 M164 V135 V164 A135 M120 V121 L122 L167 L125 179 G165 G136 G165 G136 L121 L122 L123 A168 F126 180 L166 L137 L166 I137 L122 T123 A124 I169 V127 181 A167 A138 A167 A138 W123 L124 G125 V170 A128 182 A168 A139 A168 A139 V124 I125 V126 I171 L129 183 M169 M140 M169 I140 -- V126 L127 N172 Y130 184 -- -- -- S141 -- F127 V128 S173 W131 185 -- -- -- -- -- F128 W129 C174 -- 186 -- -- -- -- -- V129 -- Q175 -- 187 -- -- -- -- -- F130 -- N176 -- 188 -- -- -- -- -- -- -- K177 -- 189 -- -- -- -- -- -- -- S178 -- 190 -- -- -- -- -- -- -- K179 -- 191 -- -- -- -- -- -- -- A180 -- 192 -- -- -- -- -- -- -- V181 -- 193 -- -- -- -- -- -- -- K182 -- 194 -- -- -- -- -- -- -- T183 -- 195 -- -- -- -- -- -- -- A184 -- 196 170 141 170 142 125 131 130 185 132